El proceso de limpieza y desinfección de los corrales es importante para reducir la carga microbiana y, por lo tanto, para el control de la exposición de los cerdos a agentes patógenos en su ambiente. La limpieza incluye una etapa de limpieza en seco, en la que se retira la materia orgánica grosera, y luego una etapa de limpieza húmeda con agua a presión para arrastrar las partículas finas y adheridas. Es importante que la superficie se seque antes de efectuar la etapa de desinfección.

La desinfección con productos adecuados, utilizando las dosis correctas, inactiva a la mayoría de los microorganismos. El producto desinfectante debe ser efectivo para virus, bacterias y hongos.

También existen productos aprobados para enfermedades específicas del cerdo, como el síndrome respiratorio reproductivo porcino (PRRS) o el circovirus porcino de tipo II (PCVII).

Un programa efectivo de bioseguridad interna debe incluir la limpieza, la desinfección y el secado completo de cada corral o edificio entre grupos, con un vacío sanitario de al menos cuatro días. El corral debe estar seco por completo antes de introducir al siguiente grupo de cerdos, ya que el proceso de secado reduce la probabilidad de que sobrevivan los agentes patógenos en el ambiente.

Cuando se selecciona un desinfectante, se deben tener en cuenta los siguientes aspectos:

• tipo de superficie a desinfectar
• destino de uso (rodiluvios, pediluvios, pulverización de superficies)
• temperatura y tipo de superficies,
• dureza del agua
• eficacia sobre enfermedades específicas
• tiempo de contacto
• toxicidad en humanos y animales
• cantidad de materia orgánica presente y costos.
• Es importante leer atentamente el rótulo y respetar la forma de uso y las concentraciones que recomienda el fabricante.

Prácticamente todos los desinfectantes son corrosivos o irritantes, por lo que el operario debe protegerse utilizando gafas y guantes, y leyendo cuidadosamente las instrucciones de uso para evitar potenciales riesgos.